噶尔丹再次攻打喀尔喀，康熙亲自率领清军，与噶尔丹的准噶尔军在乌兰布通战，噶尔丹虽然英勇善战，并发明了着名的“驼城”战术，但仍然被装备有重型火炮的大清军队打败。与此同时，策妄阿拉布坦率军攻噶尔丹后方，占领了原准噶尔领土，将噶尔丹遏制在科布多无法西还。

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可谓是康熙的心腹大患。

翌年九月，策妄阿拉布坦遣使清朝，将噶尔丹骨灰献给康熙，向大清臣服。次年，策妄阿拉布坦正式登上了首领的宝座。

利用漠北蒙古对抗准噶尔，是再好不过了，但漠北蒙古诸，也不远不如漠南诸温驯，皇阿玛对纯悫，还是抱有很大的期待。

噶尔丹陷于两大敌的夹击之中，但他认为只要击败大清军队，打通自己向东的通，策妄阿拉布坦便不足挂齿。于是，再次再度兵喀尔喀，但这时他的实力与上次相比已大为不如，康熙再次亲征，两军经过了极为惨烈的战争，噶尔丹的大妃阿也在战斗中战死，最终，三万铁骑难以击败大清二十万大军，大败亏输，这时，策妄阿拉布坦又夺取了他控制的哈密，切断了他的回路，在逃亡一年后，即康熙三十六年三月十三日，在阿尔泰的阿察阿穆塔台，噶尔丹服毒自杀。

随着时间的推移，僧格的三个儿都已大成人，尤其策妄阿拉布坦更是英武不凡，准噶尔法律，策妄阿拉布坦才应是合法的准噶尔首领位继承人，噶尔丹为不大权旁落，便逐渐打压策妄阿拉布坦，康熙二十七年，暗杀了他的弟弟索诺布阿拉布坦，这使策妄阿拉布坦到自安全难以保障，便在七名僧格旧臣的陪同，率五千众，逃至博尔塔拉河一代休养生息。

珲台吉去世，其第五僧格继承台吉，但其众兄弟不服，起兵反叛，康熙十年，被自己的两个哥哥——车臣和卓特图尔暗杀，他的三个儿都年小，台吉位难以得到延续，他的弟弟噶尔丹，在和硕特首领兼卫拉特盟主的鄂齐尔图车臣汗援助，擒杀了车臣，并将卓特图尔赶往青海，夺得了准噶尔统治权。逐渐统一了西蒙古诸，将松散的联盟步步改变为垄断权力的汗国，称准噶尔汗国，与大清和沙俄三足鼎立。

康熙亲至多诺尔，举行会盟仪式，漠南蒙古四十九旗王公、漠北蒙古各之王齐集，康熙宣布喀尔喀蒙古实行旗制，漠北蒙古正式纳清朝版图。

目睹了噶尔丹败亡的悲惨结局，因而在他登上准噶　尔统治宝座后，在同大清的往中表现得比噶尔丹更有谋略，更灵活多变。

噶尔丹没有将策妄阿拉布坦放在里，在征服了西方的哈萨克汗国之后，便集结兵趁漠北喀尔喀蒙古蒙古斗，越过杭山，大举攻土谢图汗，土谢图汗等猝不及防，拒战失利。沙俄趁喀尔喀战败，威利诱，要他们投降俄国以寻求保护。经哲布尊丹呼图克图倡议，喀尔喀蒙古举旗投清。

力求控制贸易通和贸易中心，于康熙三十九年兵喀什噶尔，不断扩张自势力。

纯悫与策棱大婚，再半月，他们便启程前往喀尔喀草原。岫烟并不意外，意外的是，胤禟竟请旨也跟去喀尔喀，代康熙去巡视漠北。

在策妄阿拉布坦统治之，准噶尔又逐渐大起来，经济较噶尔丹和图尔珲台吉时期有所发展，他也表现极的扩张望。要求大清把以前属于准噶尔的土地归还给他，“他向朝廷宣布……从伊犁河东起到克穆河与克穆奇河之间的一些地方历来属于准噶尔人，所以现在应当归还他们”